MTs Negeri 5 Tangerang lahir dilandasi oleh minimnya sekolah lanjutan di wilayah gunung batu. Hal ini memotivasi para tokoh masyarakat untuk mendirikan sebuah sekolah lanjutan dengan harapan anak-anak usia sekolah disekitarnya dapat melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi. Gedung sekolah yang megah dan asri diharapkan dapat memotivasi masyarakat sekitar untuk memperoleh pendidikan yang terjangkau dan baik. MTs Negeri 5 Tangerang yang awalnya bernama MTs Negeri Pagedangan berdiri pada tahun 2003. Gedungnya terletak di Jalan Gunung Batu, Desa Cijantra kecamatan Pagedangan diatas tanah seluas 6000 M dan merupakan proyek BEP (Basic Education Project). BEP adalah proyek pendidikan dasar yang di sponsori olen Negara Australia.
Penerimaan siswa pertama pada bulan Juli 2003. Selama satu semester, siswa melaksanakan kegiatan belajar menumpang di sekolah lain tidak jauh dari lokasi MTsN Pagedangan karena gedung belum siap pakai. Tepat pada awal semester genap gedung siap ditempati.
Sejak awal berdiri hingga saat ini MTs Negeri 5 Tangerang sudah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan. Berikut adalah nama-nama kepala madrasah yang memimpin :
- Bapak Drs. Suhardi, MA, M.Pd, memimpin tahun 2003- 2007
- Bapak Drs. H. Tubagus Aman, plt tahun 2007
- Bapak Mulyadi, MA, M. Pd, memimpin tahun 2007-2013
- Ibu Halimatussadiyah, MA, M. Pd memimpin tahun 2013- 2017
- Ibu Dra. Hj. Lilis Ismaliah, MM memimpin tahun 2017 sampai sekarang
Tahun Pelajaran 2007/2008 s.d 2015/2016 MTs Negeri 5 Tangerang menyediakan dua program kelas yaitu kelas bina prestasi dan kelas regular, dan mulai Tahun Pelajaran 2016/2017 MTs Negeri 5 Tangerang memberlakukan semua kelas adalah kelas bina prestasi. MTs Negeri 5 Tangerang menawarkan kurikulum terkini, kegiatan ekstra kurikuler, dan fasilitas belajar yang lengkap. Kurikulum yang dipakai adalah kurikulum yang berbasis scientific dan berdasarkan pada kebutuhan siswa di masa datang dan lingkungan sekitar. Program tahfiz adalah salah satu program unggulan. Untuk bidang akademik disediakan program pelajaran peminatan yang terdiri dari pelajaran bahasa Inggris, bahasa Arab, IPA, dan Matematika. Program ini adalah program yang disediakan bagi siswa yang ingin lebih memperkaya diri dengan keilmuan yang diinginkan. Selain itu ada program tadarus, solat duha dan tahajud bersama, program bahasa arab dan inggris.
Setiap tahun, siswa yang belajar di MTs Negeri 5 Tangerang semakin bertambah hal ini dibuktikan dengan bertambahnya rombel yang dibutuhkan. Dalam hal prestasi juga tidak kalah meningkatnya dengan jumlah siswa yang ada. Berbagai penghargaan telah diraih baik dari prestasi akademik maupun non akademik.
Lulusan MTs Negeri 5 Tangerang banyak diterima di sekolah favorit dan unggul baik di wilayah Tangerang dan provinsi Banten, seperti sekolah CMBBS dan MAN IC Serpong, bahkan di luar provinsi seperti MAN IC Gorontalo dan MAN IC Jambi. Prestasi lain yang diperoleh MTs Negeri 5 Tangerang adalah menjadi juara diperlombaan Madrasah sehat dan adiwiyata. Selain itu dalam bidang olahraga MTs Negeri 5 Tangerang berhasil memperoleh juara dalam pertandingan futsal tingkat provinsi. Dan masih banyak lagi prestasi-prestasi yang lainnya. MTs Negeri 5 Tangerang menawarkan banyak kegiatan ekstra kurikuler, seperti
drumband, pramuka, paskibra, pencak silat, marawis, PMR, dan lain – lain.
MTs Negeri 5 Tangerang juga menawarkan banyak fasilitas seperti ruang kelas yang cukup luas, laboratorium IPA dan komputer, ruang UKS, ruang konsultasi BP/BK, halaman yang luas dan asri. Kantin bersih yang menyediakan makanan dan minuman sehat bergizi dan parkir yang luas. Perkembangan MTs Negeri 5 Tangerang yang pesat tidak terlepas dari kerja cerdas, kerja keras, kerja ikhlas dan tuntas semua pihak yang terkait, baik para pendidik, tenaga kependidikan, dan dukungan komite serta masyarakat sekitar.
